Saison 1 (2007 / 2008)
Walter White est un professeur de chimie et un père de famille de 50 ans. Sa femme Skyler est enceinte, et son fils Walter Jr, handicapé. On diagnostique à Walter un cancer des poumons inopérable, dont il ne peut pas payer le traitement. Pour ne pas inquiéter ses proches, il décide de ne rien leur dire. Hank, son beau-frère et agent à la DEA, lui avait fait part des énormes sommes d'argent brassées par le marché de la drogue. En y repensant, Walter a une idée : mettre à profit ses connaissances en chimie pour produire une méthamphétamine d'une pureté exceptionnelle, et ainsi récolter assez d'argent pour mettre sa famille à l'abri du besoin après sa disparition probable. Il s'associe alors à Jesse Pinkman, un de ses anciens élèves devenu junkie et dealer, qui se charge de la distribution. Pour se lancer dans le trafic, ils achètent un camping-car et commencent à « cuisiner » en plein désert. Mais les deux hommes sont vite dépassés par leur double vie et font face à la violente réalité du milieu de la drogue. Ils devront aller plus loin qu'ils l'imaginaient dans l'illégalité et la violence.
Saison 2 (2009 / 2010)
Walter commence à se faire un nom dans le milieu de la drogue, sous le pseudonyme d' Heisenberg. La nouvelle double vie de Walter manque à maintes reprises d'être découverte par sa famille, à qui il avoue finalement son cancer. Skyler, très inquiète, décide de reprendre son ancien travail de comptable, alors qu'elle est à huit mois de grossesse. Mais ses soupçons envers son mari sont de plus en plus insistants. Walt et Jesse décident de monter leur propre affaire de trafic de drogue. Hank est sur la trace d'un certain Heisenberg. La confiance de Walter en Jesse s'effrite lorsque celui-ci commence à consommer de la drogue intempestivement. Peu après, le cancer de Walter est suffisamment freiné pour pouvoir être opéré. Sous l'effet de l'anesthésie, dans un lapsus, Walter révèle à sa femme qu'il a bien un secret.
Saison 3 (2010 / 2011)
Skyler, qui vient d'apprendre que son mari menait une double vie, demande le divorce, mais promet de ne pas révéler son secret. Inquiète et tourmentée, elle finira par avoir une liaison avec son patron, Ted, qui lui demandera de l'aide pour cacher au gouvernement les fraudes qu'il a effectuées pour son entreprise. Jesse sort de sa cure de désintoxication et essaie de convaincre Walter de reprendre le trafic. C'est finalement Gus, un éminent trafiquant, qui y parvient. Hank, toujours sur la trace d'« Heisenberg », devient de plus en plus dangereux et finit par se faire piéger. L'étau se resserre sur Walter.
Saison 4 (2011 / 2012)
Walter essaye de retrouver une certaine stabilité dans sa vie professionnelle, tandis que Jesse va plus mal que jamais, étant proche d'un état dépressif. Mais grâce au deuxième travail qu'il effectue avec Mike, il retrouve alors un peu d'équilibre, et est habilité à protéger Gus lors de son attentat contre le cartel. De son côté, Gus négocie avec le cartel la libération de ses obligations, après avoir éliminé ses concurrents et part en croisade contre eux. Gus décide de les empoisonner mais, forcé d’ingérer le poison, il n'en sort pas indemne. Mike, quant à lui, est touché par une balle. Gus repart avec Jesse aux États-Unis, laissant Mike au Mexique pour qu'il se rétablisse de sa blessure. Puis, Gus menace Walter de tuer sa femme, son fils et son nourrisson s'il essaye de sauver son beau-frère Hank, sur la piste de Gus. Face à cette situation, Walter décide de « disparaître » grâce à l'aide de Saul Goodman, en utilisant l'argent gagné, mais Skyler a donné la somme nécessaire à Ted Beneke pour rembourser le fisc. Prévenus de la menace contre Hank, les proches de Walter se réunissent dans la maison de Hank et Marie, sous la surveillance de la DEA. Suite au curieux empoisonnement de l'enfant de l'amie de Jesse, celui-ci décide de s'allier une bonne fois pour toutes avec Walter pour tuer Gus, dont la pression et les coups bas pèsent trop sur les deux partenaires.
Saison 5 (2012 / 2013)
Walter et Jesse, après la mort de Gustavo Fring, décident de poursuivre la production de métamphétamine. Walter prend cette décision car ayant perdu la majeure partie de l'argent qu'il avait accumulé lors de sa collaboration avec Gus, sa femme Skyler ayant dû donner à son employeur Ted Beneke la somme de 600 000 dollars pour rembourser le fisc.
La relation entre Walt et sa femme se détériore progressivement. La peur grandissante de Skyler, traumatisée par le sort réservé à Gustavo et par la panique de Walt lors de sa confrontation avec ce dernier, la conduit à feindre une tentative de suicide, afin de persuader Walter d'envoyer leurs enfants chez Hank et Marie, en sécurité. Walter et Jesse décident cette fois de s'associer à Mike, qui, d'abord réticent, accepte de les rejoindre à la suite de la saisie par la police des fonds placés par Gus à l'intention de sa petite-fille Kaylee. Mike se charge de la distribution, alors que Walt et Jesse organisent la production en utilisant un laboratoire mobile installé dans des maisons vides destinées à la désinsectisation. Néanmoins, l'enquête menée par la DEA après la mort de Gustavo Fring conduit Hank à considérer Mike comme l'un des suspects principaux et le soumet à une surveillance permanente. Il est ainsi forcé de se séparer de Walter et de Jesse. Lors de sa dernière rencontre avec Walter avant de quitter le milieu de la drogue pour de bon, Mike refuse de lui communiquer les noms des dix hommes arrêtés par la police pour leur implication dans l'affaire Fring, ce qui pousse Walter à lui tirer dessus, le blessant mortellement. Dans l'intervalle, Jesse culpabilise à propos de la mort d'un jeune garçon, tué par Todd (l'un des membres de la société de désinsectisation) car il a assisté au vol de la méthylamine et décide lui aussi d'arrêter la production de méthamphétamine.
Par la suite, Walter récupère les noms des dix hommes arrêtés auprès de Lydia et paye l'oncle de Todd afin de les voir tous tués en prison.
Pendant ce temps, Skyler continue à blanchir l'argent de son mari par l'intermédiaire de la station de lavage. Cependant, l'activité de production et de vente de drogue connaît une expansion considérable, à la suite de la décision de Walter, orienté par Lydia, d'exporter une partie de sa production en République Tchèque. Walter accumule alors une telle quantité d'argent qu'elle devient impossible à blanchir pour Skyler, qui ne parvient même plus à en déterminer le montant exact. Finalement, Walter accepte de se retirer, se rendant compte que cette activité accroît le risque d'être arrêté par la police.
